대법원은 2023년 5월 18일 선고한 2023두32839 법인세부과처분등취소 판결에서, 합병 관련 사유가 있는 비상장주식의 가치를 최근 3년 순손익액으로 산정한 과세처분이 위법하다고 보아 과세관청의 상고를 모두 기각했습니다.

사건 개요

원고 회사는 2015년 다른 비상장법인을 흡수합병한 뒤 2016년 다시 비상장법인을 흡수합병했습니다. 두 번째 합병 당시 주식가액은 직전 3년간 순손익액의 가중평균액을 토대로 산정되었습니다.

과세관청은 첫 합병으로 흡수한 회사의 순손익가치가 반영되지 않아 원고 회사 주식이 낮게 평가되고 두 번째 피합병회사 주식은 높게 평가되었다고 보았습니다. 이에 특수관계인에게 합병이익이 이전되었다는 이유로 법인세와 증여세를 부과하고 소득금액변동통지도 했습니다. 원고들은 그 평가방법과 과세처분을 다투었습니다.

핵심 쟁점

비상장주식의 순손익가치는 회사의 이익을 바탕으로 주식의 가치를 평가하는 요소입니다. 당시 법령은 일반적으로 최근 3년간 손익을 가중평균하는 방법을 두면서, 합병 등으로 과거 손익이 정상적인 가치를 보여주기 어려운 경우를 별도로 정하고 있었습니다.

그러한 사유가 있는데도 추정이익 평가액이 산정되지 않았거나 그 적용요건이 부족하다는 이유로 다시 과거 3년 손익을 사용해도 되는지가 문제였습니다.

법원의 판단

대법원은 특수관계 비상장법인의 합병이익을 계산하기 위해 합병 직전 주식가액을 산정하는 경우나, 평가기준일 전 일정 기간에 합병이 있었던 경우 등 시행규칙이 정한 사유에 해당하면 특별한 사정이 없는 한 최근 3년 순손익액의 가중평균액을 기초로 순손익가치를 산정할 수 없다고 설명했습니다.

이는 추정이익의 평균가액이 산정되지 않았거나 추정이익 평가방법의 요건을 모두 갖추지 못한 경우에도 마찬가지라고 보았습니다. 과거 손익 평가가 불합리한 사정이 있다는 점과 추정이익 평가의 적용요건 충족 여부는 별도로 구별해야 한다는 취지입니다.

일반적인 순손익가치와 순자산가치의 가중평균으로 평가할 수 없다면, 순자산가치만으로 평가하는 방법 등 당시 법령의 보충적 평가방법 가운데 객관적이고 합리적인 방법을 준용할 수 있다고 밝혔습니다. 이 법리는 법인세상 불공정합병의 분여이익을 계산할 때에도 적용된다고 보았습니다.

이 사건 회사에는 평가기준일 전 합병 이력과 합병이익 산정을 위한 평가라는 사유가 있었습니다. 대법원은 원심이 추정이익 평가의 요건을 충분히 심리하지 않고 그 방법이 적용된다고 설명한 부분은 적절하지 않다고 지적했습니다. 그러나 과거 3년 손익을 기초로 이루어진 과세처분이 위법하다는 결론은 정당하다고 보아 상고를 모두 기각했습니다.

판결을 읽는 포인트

이 판결은 추정이익 자료가 없으면 언제나 과거 손익으로 돌아가도 된다는 접근을 받아들이지 않았습니다. 합병처럼 회사의 사업구조가 바뀐 경우에는 먼저 과거 손익을 평가기초로 삼는 것이 적절한지 확인해야 한다는 의미입니다.

다만 합병이 있었다는 이유만으로 반드시 순자산가치만 적용하거나 특정한 추정이익액을 사용하라고 확정한 것은 아닙니다. 각 방법의 적용요건과 객관적 합리성을 따로 검토해야 합니다. 이 판결은 2016년 합병에 적용된 개정 전 법령을 해석한 것이므로 다른 시점의 평가에는 당시 규정과 사실관계를 구별할 필요가 있습니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2023두32839 판결 원문 · 대법원 공식 주요판결 안내