대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두72256 판결 · 법인세등부과처분취소, 일부 파기환송

사건 개요

법인이 사용료·자문료·고문료를 지급하고 비용 및 매입세액으로 신고하였으나 과세관청은 실제 공급 없는 가공비용으로 보아 법인세와 부가가치세를 부과하고 소득금액변동통지를 하였습니다. 장기 부과제척기간, 부정과소신고가산세, 매입세액 공제 및 원천징수의무가 다투어졌습니다.

핵심 쟁점

법인세에서 부정행위로 평가된 비용계상이 부가가치세에서도 곧바로 같은 평가를 받는지, 세금계산서 발급자가 세금을 납부한 경우 매입세액 공제나 원천징수의무에 어떤 영향이 있는지가 쟁점입니다.

법원의 판단

대법원은 사용료와 자문료가 가공비용이라는 판단과 법인세에 대한 장기 부과제척기간·부정과소신고가산세 적용을 수긍하였습니다. 반면 부가가치세에서 같은 제도를 적용하려면 사실과 다른 세금계산서로 공제받는다는 인식 외에 발급자의 납부의무 면탈 등으로 국가 조세수입이 줄어들 것이라는 인식이 필요하다고 보았습니다.

이 사건 발급자들은 관련 부가가치세를 모두 신고·납부하고 환급받지 않았으므로 그러한 인식을 인정하기 어렵다고 판단하였습니다. 이에 2004년 제1기부터 2008년 제2기까지의 부가가치세와 가산세, 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부정과소신고가산세에 관한 원심 부분을 파기환송하였습니다. 다만 사실과 다른 세금계산서의 매입세액 공제는 발급자가 세금을 종국적으로 환급받지 못해도 허용되지 않는다고 판단하였습니다.

소득금액변동통지 전 귀속자가 사망한 부분도 이미 성립한 소득세 납부의무를 전제로 적법하다고 보았습니다. 귀속자들이 소득처분 전에 일부 금액을 사업소득으로 신고·납부했다는 사정만으로 이후 배당·기타소득 처분에 따른 원천납세의무와 법인의 원천징수의무가 배제되거나 소멸하지 않는다고 판단하고 나머지 상고는 기각하였습니다.

판결을 읽는 포인트

매입세액 공제 여부, 장기 제척기간과 중한 가산세의 적용 여부는 각각의 요건으로 판단해야 합니다. 법인세·부가가치세·소득처분의 과세요건과 귀속 소득의 성격도 구별해야 하며, 이 판결의 일부 파기환송을 모든 과세처분의 취소로 읽어서는 안 됩니다.

공개 판결문을 바탕으로 작성한 일반적인 법률정보입니다. 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며 개별 사안에 대한 법률의견을 대신하지 않습니다.

출처: 대법원 공식 공개 판결 — 2017두72256