대법원 2023. 6. 1. 선고 2019두38472 법인세부과처분취소 판결입니다. 대법원은 특수관계자에게 양도한 주식의 시가가 불분명하다고 보아 당시 세법의 상장주식 평가 및 최대주주 할증규정을 준용한 과세를 적법하다고 판단하고 상고를 기각했습니다.

사건 개요

원고 회사는 자신이 최대주주인 코스닥 상장회사의 주식 150만 주를 특수관계 회사에 주당 33,531원에 장외 양도했습니다. 이 거래로 양수회사가 최대주주가 되었고, 그 회사와 특수관계에 있는 계열사들의 지분을 합하면 50%를 넘게 되었습니다.

과세관청은 처음에는 주식양도계약 체결일을 평가기준일로 삼아 주당 시가를 57,064원으로 평가하고, 실제 양도가액과의 차액을 소득에 더하여 법인세를 부과했습니다. 이후 조세심판원 결정에 따라 앞서 체결한 양해각서 날짜로 평가기준일을 바꾸고 주당 시가를 37,285원으로 다시 평가하여 세액을 일부 줄였습니다. 이 사건에서 다툰 처분은 그 감액 후 남은 부분입니다.

핵심 쟁점

특수관계자 사이에 합의한 실제 거래가격을 주식의 시가로 볼 수 있는지, 경영권 이전에 따른 가치를 평가하기 어려운 경우 상속세·증여세법의 평가방법과 최대주주 할증을 준용할 수 있는지가 문제였습니다. 아울러 시가보다 낮은 양도가 경제적 합리성을 갖춘 거래인지도 쟁점이었습니다.

법원의 판단

대법원은 당시 법인세법이 특수관계자 거래로 조세부담을 부당하게 줄인 경우 정상적인 거래의 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산할 수 있도록 정하고 있다고 설명했습니다. 이를 부당행위계산 부인이라고 합니다. 당시 시행령은 유사한 상황에서 일반적으로 거래된 가격 등을 우선 고려하고, 시가가 불분명하면 정해진 평가방법을 순차로 적용하도록 규정했습니다.

원심은 이 사건 실제 거래가격이 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가라고 볼 수 없고, 경영권 프리미엄을 산정하기 어려워 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 판단했습니다. 경영권 프리미엄은 회사의 지배권을 확보할 수 있는 주식에 통상적인 소수 주식과 다른 가치가 붙는 것을 뜻합니다.

이에 원심은 당시 법인세법 시행령에 따라 구 상속세·증여세법의 상장주식 평가규정과 최대주주 할증규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 삼은 처분이 적법하다고 보았습니다. 대법원은 이러한 판단에 시가의 증명책임 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다고 판단했습니다.

또한 원고가 해당 주식을 시가보다 낮게 특수관계 회사에 양도한 것은 경제적 합리성을 결여한 비정상적 거래라고 본 원심판단도 유지했습니다. 대법원은 원고의 상고를 기각했습니다.

판결을 읽는 포인트

상장주식이라도 장외에서 대규모 지분과 경영권이 함께 이전되는 거래라면 단순한 시장가격이나 당사자 합의가격만으로 평가가 끝나지 않을 수 있습니다. 이 사건에서는 경영권 가치까지 포함한 객관적 시가를 파악하기 어려워 법령이 정한 보충적 평가방법을 사용했다는 점이 핵심입니다. 특수관계자라는 이유만으로 모든 거래가격을 일률적으로 부정한 판단으로 읽어서는 안 됩니다.

과세 경과도 구별해야 합니다. 당초 주당 57,064원을 기준으로 한 세액이 그대로 유지된 사건이 아니라, 평가기준일 변경으로 주당 37,285원으로 재평가하여 감액한 뒤 남은 처분의 적법성이 다투어졌습니다. 본문에서 소개한 할증평가와 세법은 당시 거래에 적용된 규정에 관한 설명이므로 현재 거래에 그대로 대입하기 전에 적용 법령과 평가시점을 확인해야 합니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2019두38472 판결 공식 공개 원문 · 대법원 주요판결 안내