대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결은 공익단체의 실비 공급에 따른 부가가치세 면세 여부를 사업 분야 전체가 아닌 개별 재화·용역의 공급을 기준으로 판단해야 한다고 보아, 부가가치세 부과처분 부분을 파기환송하였습니다.

사건 개요

한국환경공단이 권리·의무를 승계한 환경관리공단은 정부업무대행·위탁, 환경시설설치지원, 연구용역 등의 사업에 관하여 고유 목적을 위한 실비 공급이라고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 과세관청은 실비 공급에 해당하지 않는다고 보아 세금을 부과하였습니다. 원심은 사업을 네 분야로 나누어 분야별로 면세 여부를 판단하였습니다.

핵심 쟁점

실비 공급 여부를 사업 분야 전체의 수입과 비용을 묶어 판단할 수 있는지, 개별 재화 또는 용역의 공급별로 판단해야 하는지가 문제 되었습니다.

법원의 판단

대법원은 구 부가가치세법이 거래인 재화·용역의 공급을 과세 및 면세 대상으로 규정하고, 세금계산서 교부와 거래징수도 공급 시 이루어진다는 점 등을 들어 면세 여부는 원칙적으로 개별 공급을 기준으로 판단해야 한다고 설명하였습니다.

각 사업 분야에 속한 개별 사업은 계약 내용, 기간 및 내용이 서로 달랐습니다. 같은 분야라는 이유만으로 하나의 공급 단위로 묶을 합리적 근거가 없고, 일부 분야에서는 손실이 발생한 사업이 많은 반면 이익은 일부 사업에 집중되어 있어 수수료 산정방식도 비슷하다고 단정할 수 없었습니다. 이에 분야 전체를 기준으로 실비 공급 여부를 판단한 원심을 파기하였습니다.

별도의 법인세 쟁점에서는 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 해당 판단과, 원고 명의로 예치된 선급 사업비에서 발생한 이자소득이 원고에게 귀속된다는 판단을 유지하였습니다. 원고와 해당 세무서장의 나머지 상고는 모두 기각되었습니다.

판결을 읽는 포인트

공익 목적 사업이라는 사정만으로 개별 공급의 면세 여부가 정해지는 것은 아닙니다. 계약별 공급 내용과 대가·비용을 확인해야 하며, 동일 사업 분야 안의 이익과 손실을 합산해 일괄 판단하는 방식은 주의해야 합니다. 이 판결은 개별 공급 전부의 과세·면세 결론을 확정한 것은 아닙니다.

이 글은 판결 당시의 사실관계와 적용 법령을 기준으로 정리한 판례 안내입니다. 구체적 사안의 결론은 사실관계와 현행 법령에 따라 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2017두69908 판결문