대법원은 2022년 6월 30일 선고한 2018두54323 법인세경정청구거부처분취소 판결에서, 합병으로 취득한 자기주식의 처분이익이 과세 대상이고 그 차익 계산도 적법하다고 본 원심을 유지했습니다. 회사의 상고를 기각하고 상고비용도 회사가 부담하도록 했습니다.

사건 개요

원고 회사는 2012년 다른 회사를 흡수합병하면서 그 회사가 보유하던 원고 발행 주식을 넘겨받았습니다. 자기주식은 회사가 보유하는 자기 회사의 주식입니다. 이 사건처럼 합병 상대방이 보유하던 존속회사의 주식을 합병으로 취득한 경우를 판결은 ‘협의의 자기주식’이라고 불렀습니다.

회사는 2014년 그 주식 중 일부를 양도하고, 양도금액을 익금에, 장부가액을 손금에 반영하여 법인세를 신고했습니다. 익금과 손금은 법인세 소득을 계산할 때 반영하는 수익과 비용에 해당하는 세법상 항목입니다. 이후 회사는 이 차익이 자본거래로 생긴 이익이어서 과세에서 제외되어야 한다며 세액을 바로잡아 달라는 경정청구를 했지만 세무서가 거부했습니다.

핵심 쟁점

합병으로 취득한 자기주식을 나중에 처분해 얻은 이익을 합병차익 등 과세에서 제외되는 자본거래 수익으로 볼 수 있는지가 쟁점이었습니다. 자기주식 양도금액을 수익으로 정한 시행령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지도 다투어졌습니다.

아울러 적격합병으로 과세가 미뤄졌던 부분을 주식 처분이익 계산에 반영해야 하는지도 문제되었습니다. 적격합병은 일정한 세법상 요건을 갖춰 합병 당시의 양도손익 과세를 미룰 수 있는 합병을 말합니다.

법원의 판단

대법원은 합병으로 넘겨받은 자기주식이 합병차익 산정의 요소가 되더라도, 합병 후 그 주식을 처분하는 행위는 별개의 후속거래라고 보았습니다. 이러한 주식도 양도할 수 있는 자산이고, 다른 사유로 취득한 자기주식을 처분해 이익을 얻는 경우와 본질적으로 다르지 않다고 판단했습니다.

따라서 처분이익을 익금에서 제외되는 수익이나 법에서 정한 합병차익으로 볼 수 없다고 본 원심을 유지했습니다. 관련 시행령이 법률의 위임 범위를 넘거나 조세법률주의에 반한다는 주장도 받아들이지 않았습니다. 조세법률주의는 세금의 근거와 중요한 내용을 법률로 정해야 한다는 원칙입니다. 회사가 든 과거 판례들은 해당 시행령 조항이 신설되기 전 규정의 해석에 관한 것이어서 이 사건에 적절하지 않다고 보았습니다.

차익 계산에 대해서는 적격합병으로 취득한 자기주식의 양도금액에서 합병등기일 당시 시가를 뺀 뒤, 합병 당시 자산조정계정에 반영한 금액을 가감해야 한다고 설명했습니다. 자산조정계정은 합병 때의 시가와 종전 장부가액의 차이를 세법상 반영하기 위한 항목이며, 이 사건과 같은 자산은 처분하는 사업연도에 그 차이를 반영하는 구조였습니다.

이 사건에서는 합병 상대방이 적격합병을 전제로 양도손익이 없는 것으로 신고했고, 원고도 종전 장부가액으로 주식을 승계했습니다. 대법원은 과세가 미뤄진 부분까지 포함하여 양도금액에서 승계한 장부가액을 뺀 전체 차익을 반영한 원심 판단이 정당하다고 보았습니다. 이에 회사의 상고를 기각했습니다.

판결을 읽는 포인트

합병 과정에서 자기주식을 취득했다는 사실과 그 주식을 나중에 팔아 얻은 이익의 성격은 구별됩니다. 이 판결은 취득 경위가 합병이라는 이유만으로 후속 처분이익까지 과세에서 제외되는 합병차익이 되는 것은 아니라고 판단했습니다.

적격합병에서 과세를 미룬다는 것은 그 차익을 영구적으로 과세하지 않는다는 뜻과 다릅니다. 처분 시점에 어떤 금액을 반영해야 하는지 보려면 합병 당시 적용 규정과 승계 장부가액, 자산조정계정 등을 함께 확인해야 합니다. 이 판결의 계산 방식도 당시 법령과 해당 합병의 세무처리를 전제로 이해해야 합니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 공식 공개 판결문