대법원은 2023년 6월 29일 선고한 2023두34637 양도소득세부과처분취소 판결에서, 농지 부분에 관한 과세관청 패소 부분을 파기하여 서울고등법원으로 돌려보내고 납세자들의 상고는 모두 기각했습니다.

사건 개요

납세자들과 그 부친이 보유한 농지·임야 등은 도시지역에 편입된 후 도시개발구역으로 지정되었습니다. 이후 환지방식의 도시개발사업이 추진되었고, 이들은 토지를 매도하여 2016년 소유권이전등기를 마쳤습니다. 양도소득세를 신고할 때에는 일반누진세율과 장기보유 특별공제를 적용했습니다.

과세관청은 토지가 비사업용 토지에 해당한다며 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 세액을 경정·고지했습니다. 원심은 임야 부분의 과세는 적법하다고 보았지만, 농지는 도시개발구역 지정에 따른 건축행위 통제 때문에 특별히 사용이 제한된 토지라고 보아 과세처분 중 해당 부분을 취소했습니다. 납세자들과 과세관청이 각각 불복했습니다.

핵심 쟁점

도시개발구역에서 건축허가 등이 통제된다는 이유만으로 농지도 비사업용 토지에서 제외되는지가 핵심 쟁점이었습니다. 비사업용 토지 중과제도는 적용 법령이 정한 용도와 사용기간 등의 기준에 따라 토지에 더 높은 양도소득세율을 적용하는 제도입니다. 이 사건에서는 토지의 통상적인 용도 제한을 넘어 특별한 사용 제한이 있었는지와 그 기간이 중요했습니다.

법원의 판단

대법원은 법령상 제한 등 부득이한 사유로 생산적인 용도에 사용할 수 없는 기간을 비사업용 기간에서 제외하는 취지를 설명했습니다. 다만 제외사유를 주장하는 납세자가 이를 증명해야 하며, 토지 본래 용도의 사용 제한 여부를 원칙적인 기준으로 취득 목적, 실제 이용현황과 용도변경 가능성 등을 함께 살펴야 한다고 보았습니다.

이 사건 농지는 공부상 지목과 실제 현황이 모두 밭인 “전”이었고, 납세자들도 제3자에게 경작하게 했다고 밝혔습니다. 대법원은 도시지역 안에 있다는 이유만으로 이를 건축용 대지처럼 취급할 수 없다고 판단했습니다. 장기간 보유하면서 실제로 다른 용도로 바꾸거나 건축하려는 뚜렷한 시도도 없어, 추상적인 용도변경 가능성만으로 특별한 사용 제한을 인정하기 어렵다고 보았습니다.

또한 도시개발구역 지정만으로 기존 농지의 계속적인 경작까지 금지·제한되는 것은 아니라고 설명했습니다. 건축행위가 통제된다는 사정과 농지 본래 용도인 경작이 제한된다는 사정은 구별해야 했습니다. 조합의 임의적인 경작금지 공고나 안내판 설치만으로도 정당한 사용 불가 사유를 인정하기 부족하다고 판단했습니다.

환지예정지 지정이나 부지조성공사 착공 등 실제 사업에 사용된 시점부터 부득이한 사유가 인정된다고 가정하더라도, 나머지 기간만으로 비사업용 토지의 기간기준이 충족된다고 보았습니다. 이에 농지를 제외대상으로 본 원심의 과세관청 패소 부분을 파기환송했습니다.

임야에 대해서는 비사업용 토지에 해당하고 별도의 제외사유가 인정되지 않는다는 원심을 유지했습니다. 납세자들이 주장한 과세관청 해석에 대한 신뢰나 가산세 면제의 정당한 사유도 받아들이지 않아 납세자들의 상고는 모두 기각했습니다.

판결을 읽는 포인트

개발구역으로 지정되었다는 사실과 본래 용도로 사용할 수 없었다는 사실은 같지 않습니다. 이 사건에서는 농지가 실제로도 밭이었으므로, 건축 가능성보다 경작 제한 여부를 중심으로 판단했습니다. 실제 현황이 대지나 잡종지였던 다른 판결을 농지에 그대로 적용하지 않은 점도 중요합니다.

특정 시점 이후 사용 제한을 인정할 여지가 있더라도 전체 보유기간에 관한 기간기준을 다시 계산해야 합니다. 이 판결은 2016년 귀속 양도소득세와 당시 적용 법령을 다루므로, 현재 세율이나 공제 요건을 설명한 것으로 보아서는 안 됩니다. 토지별 실제 이용현황, 제한의 근거와 시작일, 보유기간을 구분하여 읽어야 합니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2023두34637 판결문 원문 · 대법원 주요판결 안내