대법원은 2022년 11월 17일 선고한 2019두51512 법인세경정고지처분취소 판결에서 세무서장의 상고를 기각했습니다. 결손금 소급공제로 환급한 세액을 다시 거두는 이 사건 처분은 결손금 발생 사업연도의 법인세 부과·징수처분이므로, 부과제척기간을 넘겨 이루어져 위법하다는 원심 판단을 유지했습니다. 원고보조참가인들의 참가신청은 각하했습니다.

사건 개요

회사는 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 2007년 3월경 결손금 소급공제를 신청하여 2005 사업연도 법인세액을 한도로 계산한 36억 7,963만 6,470원을 환급받았습니다. 결손금 소급공제는 일정한 요건 아래 발생한 손실을 직전 사업연도 소득에 반영하여 이미 낸 법인세 일부를 돌려받는 제도입니다.

이후 파산관재인은 법원의 화해권고결정 확정을 이유로 2005 사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구를 했습니다. 세무서장은 이를 받아들여 환급가산금을 포함한 40억 3,552만 7,260원을 환급하기로 했습니다. 후발적 경정청구는 신고 후 발생한 일정한 사유를 근거로 세액 등을 바로잡아 달라고 요청하는 절차입니다.

한편 세무서장은 직전 사업연도 세액이 줄어들어 당초 소급공제 환급액이 과다해졌다는 이유로, 당초 환급액과 이자상당액을 합한 75억 3,000만 8,080원을 2006 사업연도 법인세로 경정·고지했습니다. 원고는 이 처분의 취소를 구했고 원심은 부과제척기간이 지났다고 보았습니다.

핵심 쟁점

이 처분을 이미 지급한 환급금의 단순한 회수로 볼 것인지, 별도의 법인세 부과·징수처분으로 볼 것인지가 쟁점이었습니다. 후자라면 과세관청이 세금을 부과할 수 있는 기간인 부과제척기간이 적용되므로, 후발적 경정청구나 추징사유 발생에 관한 특례로 기간이 달라지는지도 문제되었습니다.

법원의 판단

대법원은 구 법인세법과 시행령에 따라 직전 사업연도 법인세액이 줄면 환급세액을 다시 정하고 과다환급액과 이자상당액을 결손금 발생 사업연도의 법인세로 징수한다고 설명했습니다. 그 납부의무는 요건을 판단하고 환급세액을 재결정하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 구체적으로 확정되므로, 이 사건 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분이라고 판단했습니다.

국세환급금 결정이 취소되어 이미 지급된 금액을 돌려받는 국세기본법상 환수와는 세액 계산방법과 절차가 다르다고 보았습니다. 따라서 이 사건을 단순한 환급금 징수로 취급하여 부과제척기간 문제를 피할 수는 없다고 판단했습니다.

후발적 경정청구일부터 2개월 안에 필요한 처분을 할 수 있다는 특례도 적용되지 않는다고 보았습니다. 경정청구 대상은 2005 사업연도 법인세인데 이 사건 처분은 2006 사업연도 법인세로 과세기간이 달랐기 때문입니다.

공제세액 등을 징수할 사유가 발생한 날을 기산일로 삼는 별도의 특례는 일정한 의무 이행을 조건으로 세제 혜택을 받은 뒤 그 의무를 지키지 않아 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용된다고 판단했습니다. 이 사건에는 그 규정을 적용할 수 없으므로 후발적 경정청구일을 새로운 기산일로 볼 수도 없다고 보았습니다.

대법원은 부과제척기간이 지난 처분이 위법하다는 원심 판단을 유지하여 상고를 기각했습니다. 보조참가인들에 대해서는 소송 결과에 관한 법률상 이해관계가 인정되지 않는다고 보아 참가신청을 각하했습니다.

판결을 읽는 포인트

이 판결은 과거에 환급했던 돈을 다시 거둔다는 경제적 모습만으로 처분의 성격을 정하지 않았습니다. 어떤 법률에 따라 어느 사업연도 세액을 계산·확정하는지에 따라 별도의 부과처분으로 평가되고, 그에 따른 기간 제한도 적용된다는 의미입니다.

또한 납세자가 뒤늦게 경정청구를 했다는 사정만으로 관련된 모든 과세기간에 새로운 부과 기회가 생기는 것은 아닙니다. 이 사건의 경정청구 대상 연도와 다시 부과한 연도, 특례 규정의 적용 요건을 구분해야 합니다. 판단은 당시의 구 법인세법과 국세기본법 규정에 따른 것입니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2019두51512 공식 공개 판결문 · 대법원 공식 판례 소개