대법원은 2022년 12월 29일 선고한 2018두59182 법인세등부과처분취소 판결에서, 합병 당사 회사들의 주식을 함께 보유한 법인은 불공정합병으로 생긴 이익과 손실을 통산하여 과세해야 한다고 판단했습니다. 원심판결 중 2013 사업연도 법인세 부과처분과 가산세에 관한 부분을 파기하고 서울고등법원에 환송했습니다.

사건 개요

원고 법인은 합병 당사자인 두 회사의 주식을 각각 보유하고 있었습니다. 한 회사가 다른 회사의 문화예술 사업부문을 분할합병하자, 세무서장은 합병 대상 사업부문의 주식가치가 높게 평가되는 등 불공정한 합병이 이루어졌다고 보았습니다.

세무서장은 원고가 한쪽 회사의 주주로서 다른 주주에게 넘겨준 이익과, 다른 쪽 회사의 주주로서 받은 이익을 각각 계산했습니다. 전자에는 부당행위계산부인 규정을, 후자에는 익금 규정을 적용하여 두 금액을 모두 법인세 소득 계산에 더했습니다. 원심은 처분이 적법하다고 판단했고 원고가 상고했습니다.

핵심 쟁점

익금은 법인세를 계산할 때 수익으로 반영하는 금액입니다. 부당행위계산부인은 특수관계인과의 비정상적인 거래로 세금 부담을 부당하게 줄인 경우, 실제 계산에 관계없이 소득을 다시 계산하는 제도입니다.

이 사건에서는 동일한 법인이 합병 양쪽 회사의 주주라서 한쪽에서 손실을 입고 다른 쪽에서 이익을 얻었을 때, 이를 각각 따로 과세할 수 있는지 아니면 합쳐 실질적인 이익 이전을 먼저 확인해야 하는지가 문제되었습니다.

법원의 판단

대법원은 두 회사의 주식을 함께 보유한 법인에 대해서는 과소평가된 회사의 주주로서 입은 손실과 과대평가된 회사의 주주로서 얻은 이익을 통산해야 한다고 보았습니다. 그렇게 실제로 다른 주주에게 넘겨주거나 다른 주주로부터 받은 이익이 있는지를 밝힌 뒤, 결과에 따라 부당행위계산부인 규정과 익금 규정 중 하나를 적용해야 한다고 판단했습니다.

불공정한 합병비율은 주식가치의 이전을 일으키지만, 양쪽 회사의 주식을 가진 법인에는 재산가치 감소와 증가가 동시에 생깁니다. 같은 크기의 손실과 이익이 겹치는 범위에서는 그 법인에게 부가 이전되는 효과가 없으므로, 한 거래에서 나온 두 결과를 따로 떼어 볼 수 없다고 설명했습니다. 순자산이 증가했는지 판단할 때에도 양쪽 손익을 함께 계산해야 합니다.

원심은 원고가 넘겨준 이익과 받은 이익을 각각 다른 규정으로 모두 익금에 넣을 수 있다는 전제에서 처분을 적법하다고 보았습니다. 대법원은 이 판단에 법리를 잘못 적용하고 필요한 심리를 다하지 않은 문제가 있다고 보았습니다. 관여 대법관의 일치된 의견으로 2013 사업연도 법인세 부과처분과 가산세에 관한 부분을 파기하고 다시 심리하도록 환송했습니다.

판결을 읽는 포인트

과세에서는 한 법인이 어떤 지위에서 이익을 얻었는지만 보지 않고 같은 거래에서 다른 지위로 입은 손실도 살펴야 합니다. 이 판결은 하나의 불공정합병으로 생긴 경제적 효과를 같은 납세자 안에서 통산해야 한다는 점을 분명히 했습니다.

다만 양쪽 회사의 주식을 가졌다는 이유만으로 과세가 없어지는 것은 아닙니다. 통산한 결과 실제로 이익을 주었는지 받았는지를 확인한 뒤 해당 규정을 적용해야 하며, 대법원이 최종 세액을 확정한 것도 아닙니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2018두59182 공식 공개 판결문 · 대법원 공식 판례 소개