대법원은 2023년 4월 27일 선고한 2018두62928 판결에서 계약자배당준비금의 손금산입 여부는 해당 사업연도에 적용되는 요건을 기준으로 판단해야 한다고 보았습니다. 원고 패소 부분은 파기환송하고, 세무서장이 이미 직권 취소한 처분에 관한 부분은 원심과 제1심판결을 취소하는 등의 절차를 거쳐 소를 각하했습니다.

사건 개요

신용협동조합중앙회는 공제사업과 관련하여 2000~2006 사업연도에 계약자배당준비금을 적립했습니다. 이후 인가받은 공제규정이 개정되면서 기존 준비금을 계약자이익배당준비금으로 바꾸어 계상했고, 2007~2008 사업연도에는 새로운 적립금도 더했습니다.

중앙회는 이 금액을 2009~2011 사업연도에 다시 계약자배당준비금으로 적립하면서 손금에 산입했습니다. 손금산입은 법인세를 계산할 때 해당 금액을 비용으로 인정하여 소득에서 빼는 것을 말합니다. 세무서장은 일부 금액에 대한 손금산입을 부인하고 법인세를 부과했습니다.

중앙회는 주위적으로 해당 부과처분의 취소를 구하고, 예비적으로 과거 사업연도의 과세표준을 줄여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 취소를 구했습니다. 하급심에서 일부 승소했지만 나머지 부분에서는 패소했습니다. 세무서장은 상고 후인 2019년 1월 8일 하급심에서 취소된 2009 사업연도 법인세 부분을 직권으로 취소했습니다.

핵심 쟁점

과거 사업연도에 적립한 준비금을 환입하면서 익금에 산입하지 않았다는 이유로, 나중 사업연도에 다시 적립한 계약자배당준비금의 손금산입을 부인할 수 있는지가 문제였습니다. 환입은 적립해 두었던 준비금을 되돌리는 회계처리이고, 익금산입은 법인세 계산에서 수익에 해당하는 금액으로 더하는 것을 뜻합니다.

또한 소송 도중 세무서장이 스스로 취소하여 효력이 없어진 처분을 대상으로 취소소송을 계속할 필요가 있는지도 따로 판단해야 했습니다.

법원의 판단

대법원은 법인세가 사업연도마다 과세단위를 구분하는 기간과세라는 점을 강조했습니다. 2009~2011 사업연도의 계약자배당준비금이 손금산입 대상인지는 그 사업연도에 적용되는 법령상 요건을 갖추었는지를 기준으로 보아야 한다고 설명했습니다.

인가받은 개정 공제규정에 따라 기존 계약자이익배당준비금을 환입하여 계약자배당준비금으로 적립하고 해당 사업연도의 손금으로 계상했다면, 과거 적립 당시 손금산입 대상이었는지 또는 과거 환입액의 익금산입이 필요했는지와 무관하게 해당 사업연도의 손금산입 대상이 된다고 판단했습니다.

아울러 기록상 중앙회는 기존 준비금을 최초로 적립했을 때와 개정 규정에 따라 계정 항목을 바꾸었을 때 모두 관련 금액을 손금에 산입하지 않았습니다. 대법원은 이 점에서도 환입액을 익금에 산입해야 하는 경우로 보기 어렵다고 덧붙였습니다.

한편 이미 직권 취소된 처분은 효력을 잃어 존재하지 않으므로, 그 취소를 구할 소의 이익이 없다고 보았습니다. 소의 이익은 법원 판결을 통해 구제받을 현실적인 필요를 말합니다. 따라서 이 부분은 세금 부과가 정당해서가 아니라 취소할 처분이 더 이상 없다는 절차상의 이유로 각하했습니다.

결국 대법원은 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고 그 부분의 제1심판결을 취소한 뒤 소를 각하했습니다. 원고 패소 부분은 기간과세 원칙에 관한 법리를 잘못 적용했다는 이유로 파기하고 대전고등법원으로 환송했습니다.

판결을 읽는 포인트

준비금의 명칭이나 계정이 여러 해에 걸쳐 바뀌었다고 해서 과거의 회계처리만으로 이후 사업연도의 세무처리가 결정되지는 않습니다. 이 판결은 공제규정에 따른 실제 적립과 해당 사업연도의 법령상 요건을 연결하여 검토해야 한다는 의미입니다. 모든 준비금의 적립이 언제나 비용으로 인정된다는 뜻은 아닙니다.

또한 주문의 일부에 소 각하가 포함되어 있다는 이유만으로 납세자가 실질적으로 패소했다고 이해해서는 안 됩니다. 그 부분은 과세관청이 이미 부과처분을 취소했기 때문입니다. 나머지 부분은 다시 심리하도록 돌려보낸 것이므로, 대법원이 모든 세액의 취소나 환급액을 최종 확정한 판결과도 구별됩니다.

법원·헌법재판소 공식 공개 자료를 바탕으로 작성한 판례 해설입니다. 소개한 판단은 당시 법령과 해당 사건의 사실관계를 전제로 하며, 구체적인 사안과 현재 법령에 따라 검토 결과가 달라질 수 있습니다.

출처: 대법원 2018두62928 공식 공개 판결문 · 대법원 공식 판례 소개